La esterigmatocistina se produce durante el metabolismo de los hongos en forma de precursora de las aflatoxinas, por lo que ambas están estructuralmente relacionadas. Al igual que ocurre con la aflatoxina, la esterigmatocistina está presente en más de 50 tipos de hongos, incluida la especie Aspergillus; sin embargo, es menos común que la aflatoxina.

La esterigmatocistina se ha detectado en cereales y productos derivados de los cereales, así como en otros productos como el queso, el café crudo y las especias, aunque los datos disponibles sobre su presencia en los alimentos son muy limitados. En 2013, se pidió al comité sobre contaminación en la cadena alimentaria de la EFSA que evaluara el riesgo que supone la esterigmatocistina de los alimentos y el pienso para la salud de los seres humanos y los animales. Entre los productos examinados cabe destacar los siguientes:

El límite de detección recomendado por la EFSA es de 1,5 ppb. Un nivel de detección tan bajo como este es difícil de conseguir con UV-HPLC debido al ruido de fondo; el análisis de productos complejos como el queso, el café y las especias también puede complicarse con LC-MS/MS. Por lo tanto, para poder garantizar una cuantificación exacta, es necesario utilizar una columna de inmunoafinidad a efectos de purificación de muestras y determinación de concentración de la toxina.

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