La stérigmatocystine intervient dans le métabolisme des champignons en tant que précurseur des aflatoxines auxquelles elle est donc structurellement apparentée. Tout comme l’aflatoxine, la stérigmatocystine est produite par plus de 50 types de champignons, y compris l’espèce Aspergillus fungus ; elle est cependant moins fréquente que l’aflatoxine.
Bien qu’il n’existe que peu de données concernant la présence de stérigmatocystine dans les aliments, celle-ci a été détectée dans les céréales et les produits céréaliers ainsi que dans d’autres produits tels que le fromage, le café vert et les épices. En 2013, le comité de l’EFSA sur les contaminants de la chaîne alimentaire a été chargé d’évaluer le risque sanitaire associé à la présence de stérigmatocystine dans les denrées alimentaires destinées aux humains et les aliments pour animaux. Voici quelques-uns des produits examinés :