Coliforme bacteriën worden beschouwd als indicatoren voor fecale besmetting en worden vaak gebruikt voor monitoring van de waterkwaliteit. De detectie van coliforme bacteriën op oppervlakken in de productieomgeving of op vaste voedingsmiddelen geeft aan dat de hygiënische condities in het voedingsproductie-proces verbeterd moeten worden. De term ‘coliforme bacteriën’ beschrijft geen taxonomische groep buiten de eubacteria; de term verwijst eigenlijk meer naar een conglomeraat van enkele geslachten van de familie van enterobacteria. Ze hebben als gemeenschappelijke biochemische kenmerken dat ze zowel een positieve lactosereactie alsook een negatieve oxidasereactie vertonen. Deze bacteriën zijn gemakkelijk te identificeren met behulp van voedingsmedia die chromogene substraten voor hun enzym β-galactosidase bevatten (bijv.: X-GAL).

De Enterobacteriaceae zijn gramnegatieve, staafvormige bacteriën die typisch 1–5 µm lang zijn. Ze zijn facultatief anaeroob en de meeste zijn beweeglijk, maar er bestaan ook niet-beweeglijke geslachten. Enterobacteriaceae kunnen geen oxidase produceren en kunnen met dit criterium van vergelijkbare geslachten worden onderscheiden. Enterobacteriaceae vormen een normaal bestanddeel van de darmflora bij mens en dier. Zij zijn ook wijdverbreid aanwezig in het milieu (bijv. bodem, water). Sommige geslachten zijn pathogeen en kunnen ernstige ziekten veroorzaken. Geslachten van enterobacteriën zijn: Cedecea, Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Kluyvera, Morganella, Proteus, Rahnella, Salmonella, Serratia, Shigella en Yersinia.

Enterococci zijn grampositieve organismen die behoren tot de darmbacteriën, net zoals de gramnegatieve Enterobacteriaceae. Enterococci kunnen als besmettingen in allerlei gefermenteerde voedingsmiddelen worden aangetroffen. De aanwezigheid ervan in voedingsmiddelen is lang beschouwd als een indicatie voor slechte hygiënische condities tijdens de productie en verwerking. Aan de andere kant worden Enterococci specifiek gebruikt als startculturen voor de fermentatieprocessen van een verscheidenheid aan voedingsmiddelen. Er wordt beweerd dat Enterococci een belangrijke rol spelen bij de ontwikkeling van de organoleptische eigenschappen van de gefermenteerde voedingsmiddelen. Voor water dient de aanwezigheid van Enterococci als een indicator voor fecale besmetting. Enterokokken verschijnen alleen in water als ze er zijn ingebracht door besmetting met menselijke of dierlijke feces.

Gisten en schimmels kunnen voedingsmiddelen besmetten en zijn verantwoordelijk voor snel bederf van de besmette voedingsmiddelen. Vanwege hun vermogen om toxische of allergene stoffen te produceren, worden speciaal schimmels al vooraf beschouwd als een mogelijk gezondheidsrisico. Omdat deze organismen zich snel kunnen verspreiden met stofdeeltjes en aerosolen, zullen de oppervlakken in de productieomgeving voortdurend worden besmet. Daarom moet er rekening mee worden gehouden en moeten ze worden toegevoegd aan de bemonsteringsplannen van de algemene hygiënemonitoring.

Gisten zijn facultatief anaerobe, monocellulaire schimmels (Ascosporidae) die suikersubstraat aeroob fermenteren tot CO2 en H2O. Onder anaerobe condities wordt suiker door gisten gefermenteerd tot alcohol en CO2. Deze kwaliteiten worden commercieel gebruikt in de brouwerij-, wijn- en baksector. Saccharomyces cerevisiae is de stam die het meest voor industriële doeleinden wordt gebruikt. Bij voedselbederf spelen Candida-geslachten een belangrijke rol. Deze kiem bevindt zich in de menselijke en dierlijke slijmvliezen (neus, keel).

De term ‘schimmel’ wordt gewoonlijk gebruikt voor het zichtbare deel van de fungi, dat op het oppervlak van besmet voedsel aanwezig is. Onder het oppervlak vormen de fungi een mycelium dat met het blote oog niet te zien is. Specifieke schimmels en gisten worden voor industriële doeleinden gebruikt (bijv. kaasproductie). Er bestaan ook geslachten van schadelijke schimmels die toxines (mycotoxines) kunnen produceren. Bijna alle schimmels kunnen allergeen werken in samenhang met hun sporenvormende vermogens. Naast voedselbederf worden schimmels ook besproken in samenhang met gebouwen die door schimmels worden aangetast.