WGS et PCR en temps réel – Partenaires, pas concurrents

Comment le séquençage du génome complet (WGS) et la PCR en temps réel façonnent la nouvelle ère de la sécurité alimentaire ?

Avec le règlement (UE) 2025/179, l’Union européenne rend obligatoire l’utilisation du WGS pour certains agents pathogènes d’origine alimentaire à partir du 23 août 2026 :

• Listeria monocytogenes
• Salmonella enterica
• E. coli
• Campylobacter jejuni
• Campylobacter coli

Cette obligation s’applique lorsque ces pathogènes sont liés à une épidémie alimentaire, ou lorsqu’un lien est suspecté.

L’objectif : créer un système européen d’alerte précoce moléculaire, capable de détecter et résoudre les épidémies transfrontalières plus rapidement.

Si le WGS devient la nouvelle norme pour la traçabilité, la PCR en temps réel reste le pilier opérationnel des analyses quotidiennes – rapide, sensible et éprouvée sur le terrain.

WGS – La technologie de référence pour la traçabilité

Le séquençage du génome complet analyse l’ADN intégral d’un micro-organisme, détectant les plus petites différences génétiques entre isolats.

Le résultat : une empreinte digitale numérique de chaque pathogène, permettant aux laboratoires et autorités de comparer les souches à l’échelle mondiale. Applications clés :

• Détection en temps réel de clusters et investigations d’épidémies
• Bases de données comparatives globales (EFSA, ECDC, NCBI)
• Meilleure évaluation des risques et identification des sources

Nouvelles obligations européennes applicables dès 2026

Selon le règlement (UE) 2025/179, les États membres doivent utiliser le séquençage du génome entier (WGS) :

• En cas de suspicion ou confirmation d’épidémie alimentaire
• Fournir des isolats ou séquences existantes aux autorités sur demande

Cela concerne principalement :

• les laboratoires nationaux de référence
• les laboratoires régionaux de contrôle alimentaire et vétérinaire
• les autorités publiques chargées de l’inspection des denrées alimentaires

Les entreprises du secteur alimentaire ne sont pas tenues de réaliser elles-mêmes le WGS, mais elles doivent fournir des isolats ou des données de séquençage existantes à la demande des autorités.

L’EFSA exige la soumission de données spécifiques accompagnant les séquences WGS. Celles-ci incluent des identifiants de référence, l’espèce du pathogène, la date d’échantillonnage, l’État membre où l’échantillonnage a eu lieu, ainsi qu’une description de la source (aliment, animal, aliment pour animaux ou environnement). Les résultats de WGS doivent être transmis à l’EFSA dans les meilleurs délais dès qu’ils sont disponibles.

PCR en temps réel – Le pilier opérationnel

Malgré les avancées technologiques, la PCR en temps réel reste indispensable pour les tests de routine :

• Résultats en heures au lieu de jours
• Haute sensibilité
• Protocoles standardisés
• Workflows automatisables pour un grand volume d’échantillons

Applications pratiques :

• Tests de libération (produits frais ou prêts à consommer)
• Surveillance environnementale et hygiène (CIP, surfaces)
• Contrôle des matières premières et évaluation des fournisseurs

WGS et PCR en temps réel : un système intégré

« La PCR en temps réel le détecte. Le WGS montre d’où ça vient. La PCR en temps réel empêche que ça se reproduise.”

Un système moderne combine WGS et PCR en temps réel :

• Dépistage par PCR en temps réel – détection précoce des pathogènes ou indicateurs
• Isolement culturel des échantillons positifs – base pour analyses complémentaires
• Analyse WGS des isolats pertinents – traçabilité, clustering, investigations épidémiologiques

Ainsi, le WGS est utilisé uniquement lorsque nécessaire, tandis que la PCR en temps réel reste un outil rentable et opérationnel pour la prise de décision quotidienne.

Pour en savoir plus sur les tests de pathogènes :https://food.r-biopharm.com/highlights/surefast-one-qpcr-kits-for-reliable-detection-of-food-pathogens-now-aoac-microval-certified/

Source: https://eur-lex.europa.eu/eli/reg_impl/2025/179/ojhttps://food.ec.europa.eu/document/download/bb6b197a-cce2-4ebf-aca2-ebb6696c803f_en