WGS e Real-Time PCR: partner, non concorrenti

Come il sequenziamento dell’intero genoma (WGS) e la Real-Time PCR stanno inaugurando una nuova era della sicurezza alimentare?   

Con il Regolamento (UE) 2025/179, l’Unione Europea introduce l’obbligo di utilizzare il Whole Genome Sequencing (WGS) per determinati patogeni di origine alimentare a partire dal 23 agosto 2026.

I microrganismi coinvolti sono:

• Listeria monocytogenes
• Salmonella enterica
• E. coli
• Campylobacter jejuni
• Campylobacter coli

L’obbligo scatta quando questi patogeni sono associati — o si sospetta lo siano — a un focolaio di origine alimentare. L’obiettivo è chiaro: creare un sistema paneuropeo di sorveglianza molecolare capace di individuare e gestire rapidamente i focolai, anche quando coinvolgono più Paesi.

Nel frattempo, mentre il WGS diventa il nuovo standard per la tracciabilità, la real-time PCR continua a rappresentare lo strumento essenziale per le analisi quotidiane: veloce, sensibile, affidabile e già pienamente integrato nei processi di routine.

WGS: la nuova tecnologia di riferimento per la tracciabilità

Il sequenziamento dell’intero genoma analizza il DNA completo di un microrganismo, rilevando anche le più piccole differenze genetiche tra gli isolati.        
Il risultato: un’impronta digitale di ciascun agente patogeno. Questo consente a laboratori e autorità, a livello globale, di confrontare ceppi indipendentemente dalla provenienza. I vantaggi principali includono:

• Rilevamento in tempo reale dei cluster e indagine sui focolai
• Banche dati di confronto globali (ad es. EFSA, ECDC, NCBI)
• Migliore valutazione dei rischi e identificazione delle fonti

Cosa richiede l’UE a partire dal 2026?

Il Regolamento (UE) 2025/179 stabilisce che gli Stati membri devono utilizzare il WGS quando:

• È sospettato o confermato un focolaio alimentare
• Isolati provenienti da alimenti, animali, mangimi o ambiente sono collegati a tale focolaio.

Le strutture principalmente coinvolte saranno:

• Laboratori nazionali di riferimento
• Laboratori alimentari e veterinari regionali
• Autorità pubbliche per i controlli ufficiali

Le aziende alimentari non devono eseguire direttamente il WGS, ma devono essere in grado di fornire isolati o eventuali sequenze già disponibili su richiesta delle autorità.

L’EFSA richiede inoltre che, insieme ai dati di sequenza, vengano trasmessi identificativi, specie del patogeno, data e Stato membro del campionamento, oltre alla descrizione della matrice (alimento, animale, mangime o campione ambientale). I dati devono essere inviati tempestivamente, non appena disponibili.

Real-Time PCR: il pilastro operativo della sicurezza alimentare

Nonostante l’avanzare della genomica, la Real-Time PCR resta uno strumento indispensabile per il controllo quotidiano. I suoi punti di forza sono:

• Risultati in poche ore anziché in giorni
• Elevata sensibilità
• Protocolli standardizzati
• Flussi di lavoro automatizzabili per volumi elevati di campioni

Le applicazioni pratiche includono:

• Rilascio di prodotti (ad es. per prodotti freschi o pronti al consumo)
• Monitoraggio ambientale e igienico (CIP, superfici)
• Controllo delle materie prime e valutazione dei fornitori

Dalla rilevazione alla strategia: come WGS e PCR lavorano insieme

“La Real-Time PCR rileva il patogeno. Il WGS mostra da dove proviene. La Real-Time PCR impedisce che si ripeta”.

Un approccio moderno e sostenibile combina i due metodi in un processo strutturato:

• Screening tramite Real-Time PCR: rilevamento precoce di agenti patogeni o indicatori
• Isolamento colturale dei campioni positivi: base per ulteriori analisi
• Analisi WGS degli isolati rilevanti: per la tracciabilità, il clustering e l’indagine sui focolai

In questo modo, il WGS viene impiegato solo quando serve realmente, mentre la Real-Time PCR rimane il metodo decisionale più efficiente e sostenibile nella gestione quotidiana.

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Fonte: EUR-Lex

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