WGS und real-time PCR – Partner, nicht Konkurrenten

Wie Vollständige Genomsequenzierung (Whole Genome Sequencing – WGS) und real-time PCR die neue Ära der Lebensmittelsicherheit prägen.

Mit der Verordnung (EU) 2025/179 verpflichtet die Europäische Union ab dem 23. August 2026 zur Anwendung der Ganzgenomsequenzierung (WGS) bei bestimmten lebensmittelbedingten Pathogenen:

• Listeria monocytogenes
• Salmonella enterica
• E. coli
• Campylobacter jejuni
• Campylobacter coli

wenn diese mit einem lebensmittelbedingten Krankheitsausbruch in Verbindung stehen oder ein Zusammenhang vermutet wird.

Ziel ist es, ein europaweites, molekulares Frühwarnsystem zu schaffen, das Ausbrüche über Ländergrenzen hinweg schneller erkennt und aufklärt.

Doch während WGS zum neuen Standard für Rückverfolgbarkeit wird, bleibt die real-time PCR das operative Rückgrat der täglichen Analytik – schnell, sensitiv und praxisbewährt.

WGS – die neue Referenztechnologie für Rückverfolgbarkeit
Die Ganzgenomsequenzierung (Whole Genome Sequencing) analysiert die vollständige DNA eines Mikroorganismus.

Damit lassen sich selbst kleinste genetische Unterschiede zwischen Isolaten erfassen.

Das Ergebnis: ein digitaler Fingerabdruck jedes Pathogens. Mit diesen Daten können Behörden und Labore weltweit Stämme vergleichen – unabhängig davon, wo sie isoliert wurden. Das ermöglicht:

• Clustererkennung und Ausbruchsaufklärung
• Globale Vergleichsdatenbanken (z. B. bei EFSA, ECDC, NCBI)
• Bessere Risikobewertung und Quellenidentifikation

Wozu verpflichtet die EU ab 2026?
Gemäß der EU-Verordnung (EU) 2025/179 müssen Mitgliedstaaten künftig WGS einsetzen, wenn:
ein Ausbruch mit lebensmittelbedingten Pathogenen vermutet oder bestätigt wird,
oder Isolate aus Lebensmitteln, Tieren, Futtermitteln oder der Umwelt mit einem solchen Ausbruch in Verbindung stehen.

Betroffen sind vor allem:

• Nationale Referenzlabore
• Landesuntersuchungsämter und Veterinärlabore
• Staatliche Lebensmittelüberwachungsstellen

Lebensmittelunternehmen selbst müssen WGS nicht verpflichtend anwenden – aber sie müssen Isolate oder vorhandene Sequenzdaten auf Anfrage der Behörden bereitstellen.

Bestimmte Daten müssen zusammen mit den WGS-Sequenzen an die EFSA übermittelt werden. Dazu gehören Referenznummern, die Pathogen-Spezies, das Datum und der Mitgliedstaat der Probenahme sowie eine Beschreibung des Lebensmittels, des Tiermaterials, des Futtermittels oder der Umwelt, aus der das Isolat stammt. Die WGS-Ergebnisse sollten der EFSA übermittelt werden, sobald sie verfügbar sind.

Real-time PCR – die operative Säule der Lebensmittelsicherheit
Trotz des technologischen Fortschritts bleibt die real-time PCR ein wichtiges Werkzeug für Routine- und Schnelltests.

Sie bietet:

• Ergebnisse in Stunden statt Tagen
• hohe Sensitivität
• Standardisierte Protokolle
• Automatisierbare Workflows für hohe Probenzahlen

Einsatzmöglichkeiten in der Praxis:

• Freigabeprüfungen (z. B. bei Frischprodukten oder Ready-to-eat-Produkten)
• Umwelt- und Hygienemonitoring (CIP, Oberflächen)
• Rohstoffkontrolle und Lieferantenbewertung

 
Vom Test zur Strategie – WGS und real-time PCR im Zusammenspiel
„Real-time PCR hat es detektiert. WGS zeigt, woher es kommt. Real-time PCR verhindert, dass es wieder passiert.“
Ein zukunftssicheres Testsystem kombiniert real-time PCR und WGS entlang eines abgestuften Prozesses:
1. Screening durch real-time PCR – Früherkennung von Pathogenen oder Indikatoren
2.  Kulturelle Isolierung positiver Proben – Grundlage für weiterführende Analysen
3. WGS-Analyse relevanter Isolate – für Rückverfolgbarkeit, Clusterbildung und Ausbruchsaufklärung
So wird WGS nur dann eingesetzt, wenn es notwendig ist – und real-time PCR bleibt die wirtschaftliche Entscheidungshilfe im Routinebetrieb.
 
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Quellen:
https://food.ec.europa.eu/document/download/bb6b197a-cce2-4ebf-aca2-ebb6696c803f_en
https://eur-lex.europa.eu/eli/reg_impl/2025/179/oj