Einige Bakterienarten produzieren gefährliche Gifte. Der Verzehr von Lebensmitteln, die mit bakteriellen Toxinen kontaminiert sind, kann schwere Lebensmittelvergiftungen auslösen.

Staphylokokken-Entero-Toxine (SET) gehören neben Salmonellen und Campylobacter zu den Hauptverursachern von bakteriell verursachten Lebensmittelvergiftungen. Die hitzestabilen Proteine werden hauptsächlich von Staphylococcus aureus aber auch von Spezies wie S. hyicus und S. intermedius gebildet. Eine Reihe von Lebensmitteln sind an SET-Intoxikationen besonders häufig beteiligt, so z. B. Teigwaren, fertige Fleischgerichte, gekochter Schinken, Pasteten, Hühnerfleischprodukte, Fisch, Fischprodukte, Milch, Milcherzeugnisse, Speiseeis, Eierprodukte, Salate, Backwaren, Kuchenfüllungen sowie Zubereitungen aus diesen Lebensmitteln. Die Enterotoxine der serologischen Gruppen A, B, C, D und E sind dabei von wesentlicher Bedeutung.

Eine weitere Bakterienart, die Toxine produzieren kann, ist der enterohämorrhagische E. coli („EHEC“). Diese Bakterien bilden die Giftstoffe Verotoxin oder Shigatoxin und werden entsprechend auch als Verotoxin-produzierende E. coli („VTEC“) oder Shigatoxin-produzierende E. coli („STEC“) bezeichnet. Infektionen mit STEC/VTEC zählen zu den häufigsten lebensmittelbedingten bakteriellen Erkrankungen, die sogar zum Tod führen können. Kontaminationsquellen sind vor allem rohes Fleisch und unpasteurisierte Milchprodukte.

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